La historia del convento de Madre de Dios es larga y está plagada de momentos de esplendor y de declive. De su configuración original solo queda como testigo la iglesia, única parte del histórico edificio que continúa en uso, ya que la zona residencial es un inmueble reconstruido.
Su historia está ligada a la familia De Enciso, una de las más importantes del Logroño del siglo XVI. El convento fue fundado por Juan de Enciso, contador de Carlos V, junto con varios familiares, en diciembre de 1527. Por entonces, se encontraba extramuros y muy alejado de la ciudad. Su construcción se postergó unos años y no entró en funcionamiento hasta 1531. Tres de las primeras monjas que lo ocuparon eran hijas de su fundador. Hay documentación del siglo XVI que recoge problemas con la regla que regía este centro monástico, la de Santa Clara en un principio, y la de la Concepción, después. A mediados del siglo, el convento ya contaba con algunas propiedades. En 1596 ingresó en él la hija del pintor Navarrete el Mudo, María Fernández.
Durante su primer siglo de existencia, el convento de Madre de Dios sufrió remodelaciones. Tres años más tarde, el concejo de la ciudad se reunió en sus dependencias para reconocer que existía un brote de peste que afectaba a la ciudad.
La iglesia de Madre de Dios, en la esquina de la calle del mismo nombre con La Ribera, es el vestigio más fidedigno que ha quedado del convento, tras siglos de avatares. - Foto: IngridDel siglo XVII hay documentación referida a obras en capillas y en la tribuna. El edificio residencial fue ampliado. En el siguiente siglo, el convento colaboró con la ciudad, por ejemplo, prestando dinero para ampliar el Ayuntamiento, ubicado en el Portalón. Esto indica el estatus que tenía. Ese siglo coincide con el auge del convento, que llegó a tener 70 monjas. Los soldados franceses ocuparon y dañaron el edificio en la Guerra de la Independencia y las desamortizaciones del siglo XIX le privaron de muchas posesiones, pero la comunidad pervivió.
Ya en el siglo XX, en 1922, la abadesa pidió permiso para derribar las partes en ruina. La quema de conventos previa a la Guerra Civil marcó un hito, pues el 14 de marzo de 1936 el cenobio fue calcinado y solo se salvaron unos pocos objetos.
El edificio quedó en un estado lamentable y deshabitado. En esa situación permaneció unos años, hasta que las monjas concepcionistas solicitaron al Ayuntamiento los permisos para restaurar el edificio, pues el plan urbanístico había cambiado con la apertura de la calle Madre de Dios, junto a la fachada de la iglesia.
1969: la reconstrucción. En 1969 empezó la reconstrucción, con una disposición diferente, de forma que la entrada se emplazó en el lado de la calle Madre de Dios, que mantenía la fachada renacentista, y se conservó la espadaña como recuerdo. Igualmente, el arco fajón de la iglesia fue rehecho a imagen del antiguo, que se conservaba en ruinas. El 3 de octubre de 1971, las monjas concepcionistas volvieron a su convento, en el que permanecieron hasta 2004, cuando el Ayuntamiento tomó posesión de los edificios. Unos años después, fueron reabiertos como Centro Cívico Madre de Dios. Sin embargo, el vandalismo obligó a tapiar el convento y únicamente quedó en uso la iglesia.