El 30 de mayo de 2021 ya queda en el olvido. El empate a cero cosechado este pasado sábado en Navalcarbón ante el Lealtad permite al cuadro banquillo poner fin a sus trece temporadas consecutivas en Tercera. La mejor clasificación en liga regular del equipo de Israel Villarreal permite el ansiado ascenso. Lo que hace un año se escapó en la prórroga en La Molineta ante la UDLPromesas se recuperó en la Dehesa de Las Rozas.
Aunque el encuentro no pasará a la historia (los de Villaviciosa tuvieron ocasiones más claras pero fueron incapaces de superar la meta de Pinillos, que de este forma forma regresa menos de cuatro meses después a Segunda RFEF), los alfareños supieron hacer valer un 0-0 que les devuelve a la categoría que se les escapó en la lejana 2008-09.
Fue, en esa ocasión, un paso esporádico por la Segunda B, categoría a la que regresan por cuarta vez (ahora denominada Segunda RFEF), todas en este milenio. En la 2001-02 , los blanquillos acabaron vigésimos. Fue subir y bajar.
En la 2002-03 los alfareños conquistaron el título de campeón de la Tercera riojano-navarra y festejaron su segundo ascenso, dando paso a los mejores años de los blanquillos en la división de bronce. ConPatxi Bronte al frente del equipo, el Alfaro acumuló cuatro temporadas en SegundaB, con una novena plaza como mejor posición. Un logro para el modesto club de La Molineta. El tercer y penúltimo ascenso llegó en la 2007-08, con el título de campeón riojano de Tercera.
Tras el descenso en la 2008-09 ha habido que esperar trece amargos años, con tres aciagos subcampeonatos que no se tradujeron en fructíferos 'play off'. Entre la 2013-14 y la 2019-20, el Alfaro estuvo lejos de los puestos que le pertenecían.
El año pasado, con Fran Luna al frente de la entidad e Israel Villarreal al mando del equipo, el Alfaro recuperó su inercia ganadora. El curso pasado los blanquillos despidieron el curso en tercera posición. RacingRioja y Náxara se hicieron con las dos primeras plazas de promoción en la recién estrenada Segunda RFEF. Viti, con un gol en el minuto 120, dejó sin premio al Alfaro cuando acariciaba ante su público el ascenso.
Este curso, tras no poder igualar el ritmo de crucero impuesto por el Arnedo, los alfareños se centraron en conseguir el objetivo por el camino largo. En semifinales no dieron opción al Casalarreina(3-0). En la final, Navajas, en el 90, apartó de su sueño al Varea. Ante el Lealtad, bastó con un serio ejercicio defensivo para que los Pinillos,Héctor Pérez, Mario León, Arturo, Diego Lacruz, Navajas y compañía cumplieran su sueño.
En el año de su centenario, los riojabajeños dicen adiós a la Tercera riojana para sumar su destino al de RacingRioja, UDLPromesas y Arnedo, con los que compartirá grupo en Segunda RFEF. La Rioja tendrán tres equipos en Primera RFEF(o dos si sube la UDL) y cuatro en 2ª RFEF, un éxito impensable al que se ha sumado el Alfaro.