El legado del convento de San Francisco a la ciudad se limita hoy al nombre de una calle y de un colegio. Próximo al Puente de Piedra, se erigía en lo que hoy es el tanatorio. Era un edificio de gran tamaño, con iglesia, dos claustros y diferentes alas para los usos de hospital, botica, cocinas o dependencias de los monjes.
Sus orígenes se remontan al siglo XIII y según algunos testimonios lo mandó construir el fundador de la orden en su visita a Logroño, camino a Santiago de Compostela en 1213, lo que le convierte en el primer convento franciscano erigido en España. Un siglo más tarde, ya se conocen donaciones por parte de benefactores que se hacen enterrar en él. En el siglo XV se construyó la iglesia, con su portada como elemento más destacable, que subsistió hasta su desaparición en el XIX.
En 1521, durante el sitio francés, las tropas del general Asparrot lo tomaron como cuartel general. En 1537, según documentación del Archivo Histórico Diocesano, se creó en el convento la Cofradía de la Vera Cruz, una de las más antiguas, con capilla propia.
A lo largo del siglo XVI, el convento adquirió relevancia por donaciones y testamentos. A final del siglo, el convento vivía un momento de esplendor, por lo que remodeló la sacristía y los ornamentos. En esa época, la comunidad religiosa entabló un pleito con el concejo para evitar el pago de impuestos. La Inquisición tuvo su capilla en este lugar hasta comienzos del siglo XVII, cuando los monjes la suprimen. En 1625 las bóvedas de la iglesia se derrumbaron y hubo que rehacerlas.
En el siglo XIX comenzó su ocaso. En 1808, los soldados franceses desamortizaron el convento para convertirlo en cuartel y hospital militar. Tras el final de la Guerra de la Independencia , los monjes regresaron, para ser expulsados de nuevo en 1833 con la Guerra Carlista. La desamortización de Mendizábal le dio la puntilla en 1835. Después, fue usado como polvorín. Su final llegó el 21 de agosto de 1869 por una explosión de munición que voló buena parte del convento y lo incendió. Según Jerónimo Jiménez, los primeros en luchar contra el fuego fueron los miembros del acuartelamiento, ayudados por los arquitectos Maximiano Hijón y Francisco Luis y Tomás, a quienes distinguió el Ayuntamiento por su acción. El edificio quedó en ruina y fue demolido poco después.