En tiempos de romanos, sirvió para salvar el río Iregua y dar paso a una importante calzada. Del puente que comunicaba la ciudad romana de Varea con el actual barrio logroñés de Los Lirios apenas queda el recuerdo de unas piedras pertenecientes a sus pilastras que el ímpetu de las aguas del Iregua se llevó por delante.
Los primeros habitantes del lugar fueron berones al parecer procedentes del poblado de La Custodia, en Viana. En tiempos prerromanos fue un punto sin mayor relevancia, del que apenas hay referencias.
El puente fue construido para dar continuidad a la calzada romana de Caesaraugusta (Zaragoza) a Virovesca (Briviesca) sobre el río Iregua, para continuar por el margen del Ebro hasta el puente Mantible. Sobre sus arcos también discurría la calzada que unía Vareia con Numancia, atravesando la sierra riojana para adentrarse en la meseta. Se cree que por este paso salvaron las frescas aguas del Iregua Escipión y sus tropas, dispuestas a conquistar Numancia en el año 134 antes de Cristo. A este puente también se le relaciona con la ruta de Sertorio, disidente romano en el año 77. Con la llegada de Augusto, la calzada se pavimentó y se mejoró.
Fue la primera construcción romana sobre el Iregua y se mantuvo activa varias centurias. Se conocen noticias en los siglos III, V y X. En 1590 ya no estaba en uso, pues ese año se autorizó la construcción de Puente Madre, para dar paso al Camino Real. En el siglo XVIII, fue reconstruido. Otros documentos parecen hacer referencia a un paso de madera sobre las ruinas del histórico puente, siguiendo el camino de Madre de Dios. En 1840 se pensó en usar las bases de piedra existentes para construir el puente de la carretera. El proyecto no se realizó y las pilas de piedra continuaron su proceso de deterioro. En 1976, las bases fueron redescubiertas y estudiadas.
De su estructura arquitectónica solo se conocen dos pilas del siglo XVIII y un fragmento de cemento romano. Los documentos históricos aluden a un puente de piedra de sillería, con arcos de medio punto que arrancaban en la margen derecha del río. Los arcos tendrían una altura no superior al puente de la carretera actual y se prolongarían hasta el inicio del barrio de los Lirios, sobre la finca de la Fombera. En el río quedaban hasta hace poco restos de dos bases, con tajamares triangulares perfectamente reconocibles, pero que fueron destruidos por una riada del Iregua.