La iglesia de San Antonio puede presumir de ser una de las más modernas de la ciudad. Pero este templo guarda, además, alguna que otra singularidad: el edificio actual, amplio y de líneas arquitectónicas contemporáneas, emplazado en la margen izquierda del Ebro, en el barrio del que toma el nombre y a las puertas de la moderna zona residencial de El Campito, se levantó sobre una modesta parroquia subterránea, la única de esas características que tuvo Logroño. 

Aquel peculiar recinto religioso fue durante décadas uno de los puntos de referencia del barrio al que da nombre.

La historia de esta parroquia comenzó el 24 de abril de 1961 cuando se decidió su construcción con el fin de atender a los vecinos del nuevo barrio surgido en el lado del río menos poblado.

Las obras se prolongaron hasta 1964 y la nueva parroquia abrió sus puertas a los feligreses el día de Año Nuevo. Sin embargo, el acto de inauguración, tal y como narra el cronista de la ciudad Jerónimo Jiménez, se retrasó hasta la noche del 13 al 14 de junio y se llevó a cabo con un acto de adoración nocturna, al que acudió el obispo Abilio del Campo. Sin embargo, la parroquia llevaba ya unos años funcionando.

El nuevo templo era pequeño, con escasa iluminación, dado que el proyecto no llegó a ejecutarse como lo había concebido el arquitecto local Agapito del Valle. 

Pese a sus deficiencias, la parroquia comenzó a funcionar y a acoger las celebraciones propias para las que estaba pensada. Con el paso del tiempo, el número de vecinos fue aumentando en la zona, de manera que el espacio que tenía el templo se quedó pequeño. Los nuevos proyectos urbanísticos del entorno, con el diseño de las nuevas calles, amenazaron su supervivencia aunque finalmente el antiguo edificio no sufrió modificación alguna. En los años 60 se celebró en aquella iglesia una boda tan íntima, sin feligreses ni invitados, que únicamente asistieron el párroco, los contrayentes y los testigos.

No será hasta 2014 cuando sobre esa modesta parroquia pudiera alzarse una iglesia moderna, diseñada por Iñaki Gómez, con mucha mayor amplitud y sobretodo, mucho más luminosa. El edificio se construyó manteniendo el antiguo, que fue desalojado el 14 de diciembre de 2014, en un acto en el que la imagen de San Antonio fue trasladada desde la iglesia subterránea a la actual.